Molecular Characterization and Antibiotic Resistance of UroPathogenic Escherichia coli (UPEC) Isolates from Patients within the Eastern Province of Saudi Arabia A
dc.contributor.advisor | Elhadi, Nasereldin | |
dc.contributor.author | Abusuliman, Mohammad Saleh | |
dc.date.accessioned | 2024-01-09T17:39:38Z | |
dc.date.available | 2024-01-09T17:39:38Z | |
dc.date.issued | 2018 | |
dc.degree.department | Clinical Laboratory Sciences Department | |
dc.degree.grantor | Imam Abdulrahman Bin Faisal University | |
dc.description | تشكل مقاومة المضادات الحيوية تحدياً عالميا في مكافحة الأمراض البكتيرية، وهي تشكل مصدر قلق بالغ في المملكة العربية السعودية. بكتيريا الزائفة الزنجارية هي واحدة من أنواع البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية في المملكة العربية السعودية وإنتاجها لل ميتالو بيتا لاكتاميز يمكن البكتيريا الممرضه من مقاومة معظم المضادات الحيوية. قيمت هذه الدراسة قابلية المضادات الحيوية وحدوث جينات الميتالو بيتا لاكتاميز مثل (bla VIM و bla NDM-1 و INT-1) في ١١٠ عينات سريرية تم الحصول عليها من مستشفى الملك فهد الجامعي بالخبر. تم تحديد سلالات الزائفة الزنجارية باستخدام نظام VITEK 2 وتم تأكيد السلالات التي تم تحديدها باستخدام سيتراميد اجار بعد ذلك تم تحديد حساسية مضادات الميكروبات باستخدام VITEK 2بواسطة بطاقات الحساسية المضادة للميكروبات، بعدها تم استخدام تفاعلات البوليميراز المتسلسل القائم على التحليل الجزيئي(PCR) لتحليل وجود الجينات (bla VIM و bla NDM-1 و INT-1)، ومن خلال هذه العمليه تم تحديد ١٠٨ سلالات من بكتيريا الزائفه الزنجارية وتم التعرف على معظم السلالات من عينات البول بنسبة (٢١.٥٪) وعينات الجروح بنسبة (١٧.٤٪)، وكانت معظم المضادات الحيوية من نوع (بيتا لاكتام )عرضة للسلالات في حين أن المضادات الحيوية الأخرى مثل ليفو فلوكساسين و توبرامايسن و جينتامايسن و اميكاسين و كوليستين كانت أقل عرضة، وأظهرت مخرجات ال ERIC-PCR أن السلالات لديها تسلسل ERIC من أطوال متفاوتة كما هو مبين من قبل الاختلاف في مسافات الهجرة. وأظهر المخطط التوضيحي عشرين مجموعة مختلفة من ERIC ، مع أربع مجموعات رئيسية. وكانت معظم السلالات والتي هي بنسبة (٦٥.٧٪) من السلالات التي تم تحديدها تحتوي على الأقل على واحد من الأنواع الوراثية الثلاثة ذات الاهمية مع أعلى نسبة تم تحديدها بنسبة (٤٨.١٪) من البكتيريا المنتجه لل NDM في حين أن البكتيريا المنتجه لل VIM كانت سلالاتها أقل تواترا، و كان التقاء المورثات الجينية bla VIM و bla NDM في سلاله واحده الأكثر تكرارا بين السلالات التي تم تحديدها من بكتيريا الزائفه الزنجاريه في حين أن الالتقاء بين المورثات الجينية الخاصة ب bla VIM و INT1 حدث في أقل عدد من السلالات. المعلومات التي تم الحصول عليها من الدراسة مهمة في وضع أفضل استراتيجية منهجية في الإدارة والسيطرة على المقاومة التي تتسبب بها بكتيريا الزائفه الزنجارية للمضادات الحيوية في المملكة العربية السعودية. | |
dc.description.abstract | Antibiotic resistance poses a global challenge in the control of bacterial disease and it is of serious concern in Saudi Arabia. Pseudomonas aeruginosa is one of the main causes of antibiotic resistance in Saudi Arabia and its production of metallo-beta-lactamases enables the pathogen to resist most antibiotics. This study assessed the antibiotic susceptibility and the occurrence of metallo-beta-lactamase genes such as blaVIM, blaNDM-1and INT-1 in 110 clinical samples obtained from King Fahd University Hospital. Pseudomonas aeruginosa strains were identified using VITEK 2 system. The identified strains were confirmed using Cetrimide agar after which antimicrobial susceptibility was identified using VITEK 2 antimicrobial susceptibility cards. Polymerase chain reaction based molecular screening techniques was used to analyze the presence of blaVIM, blaNDM-1, and INT-1. 108 strains of P. aeruginosa were identified. Most of the strains were identified from the urine (21.5 %) and wound samples (17.4 %). Most of the strains were susceptible to beta lactam antibiotics while the non-beta lactam antibiotics such as Tobramycin, Levofloxacin, Gentamicin, Amikacin, and Colistin were less susceptible. The ERIC-PCR finger printing showed that the strains have ERIC sequences of varying lengths as shown by variation in the migration distances. The dendogram showed twenty different ERIC clusters, with four major clusters. Most (65.7 %) of the identified strains had at least one of the three genotypes of interest with the highest number (48.1 %) being reported to be NDM producers while the VIM producers were the least frequent strains. The combination blaVIM and blaNDM genotypes were the most frequently observed gene combination among the identified strains of P. aeruginosa while the combination of blaVIM and INT1 occurred in the least number of strains. The information obtained from the study is important in strategizing on the best approach in the management antibiotic resistance caused by P. aeruginosa in Saudi Arabia. | |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/20.500.14154/70727 | |
dc.language.iso | en | |
dc.publisher | Imam Abdulrahman Bin Faisal University | |
dc.subject | Clinical Laboratory Sciences | |
dc.subject | Microbiology | |
dc.title | Molecular Characterization and Antibiotic Resistance of UroPathogenic Escherichia coli (UPEC) Isolates from Patients within the Eastern Province of Saudi Arabia A | |
dc.type | Thesis | |
sdl.degree.name | Master's Degree |