Phenotypic and Genotypic Characterization of von Willebrand Factor Gene of Saudi Healthy Individuals in Eastern Province of Saudi Arabia
Date
2020
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Imam Abdulrahman Bin Faisal University
Abstract
Background:Vibrio parahaemolyticus is a gram-negative, facultative, anaerobic,halophilic bacterium that is widely disseminated in coastal, estuarine, andmarine environments. It is a seafood-borne pathogen that, in humans, cancause gastroenteritis. There are many clinical symptoms, such as diarrhea,abdominal pain, fever, and vomiting. Not all strains of V. parahaemolyticusare pathogenic, except, those are expressed tdh or trh genes. The polymerasechain reaction is the most popular molecular technique used to detect V.parahaemolyticus virulence genes. Recently, many studies have used anewly established technique known as immunomagnetic beads (IMB) toconcentrate the bacterium. This will increase the possibility of detecting V.parahaemolyticus from environmental, food, and clinical samples. Thisstudy aims to use PCR and IMB to detect V. parahaemolyticus in coastalwater samples.Method and result:From February 2018 to May 2018, seawater samples were collected fromfive different areas along the Arabian Gulf Coast in Saudi Arabia, includingAziziya Beach (AZB), Corniche alkhobar (KBC), Corniche alkhobar front(KBF), Half-Moon Beach (HMF), and Dammam corniche (DMC). In total,192 seawater samples were collected with measured physical parameters12such as pH, temperature, and TDS (total dissolved solids). Samples weretested to detect the presence of V. parahaemolyticus. IMB was used withTCBS and CHROMagar to increase the isolates of V. parahaemolyticus.Also, a molecular study was done by using PCR to confirm the identity of V.parahaemolyticus to the species level and identify virulence gene markers.ERIC PCR was performed to detect the similarities between V.parahaemolyticus strains. In total, 58 isolates were tested positive for V.parahaemolyticus after the use of TCBS and CHROMagar media with IMB,while the total number of isolates without IMB was only 9. To confirm theidentity of the species level, PCR targeting the toxR gene was applied and 28strains were detected. The pathogenicity of isolated strains was tested byusing PCR targeting tdh and trh genes, 23 isolates are tdh+ and trh- genesnot detected.Conclusion:The seawater samples were tested with and without IMB. The finding of thisstudy confirms the application of IMB in increase the detection level of V.parahaemolyticus. This study concludes that V. parahaemolyticus tdh+ ispresent in the analyzed samples of seawater collected from coastal areasalong the eastern coast of Saudi Arabia.
Description
الخلفية:تعتبر بكتيريا الفبيرو باراهيموليتكس من البكتيريا السالبة الاختيارية اللاهوائية، وتنتشر على نطاقواسع في المياه البحرية تنتقل للإنسان عن طريق المأكولات البحرية، وتسبب التهابات في المعدةوالامعاء وايضا تسبب العديد من الاعراض السريرية على سبيل المثال: الاسهال، الالام في البطن،الحمى والقيء. ليس جميع انواع الفبيرو تسبب الامراض ولكن بعض السلالات منها تسبب الامراضومنها التي تنتج جينات تفرز السموم. تفاعل البلمرة المتسلسل من أشهر التقنيات الجزيئية الحديثةالمستعملة في الكشف عن وجود جينات الفبيرو باراهيموليتكس. حديثا اكتشفت تقنيه جديدة لعزلالبكتيريا باستخدام تقنيه الفصل المناعي المغناطيسي. تهدف هذه الدراسة الى معرفة نتائج وفوائداستخدام تفاعل متسلسل البلمرة مع الفصل المناعي المغناطيسي في الكشف عن وجود البكتيريا فيمياه الخليج العربي.الخطوات للكشف عن البكتيريا والنتائج:تم تجميع عينات مياه البحر في فبراير 2018 وحتى مايو 2018 وتم تجميعها من خمس اماكنمختلفة على مستوى مياه الخليج العربي في المنطقة الشرقية متضمنه: شاطئ العزيزية وكورنيشالخبر والواجهة البحرية في كورنيش الخبر وشاطئ نصف القمر وكورنيش الدمام. حيث بلغ عددالعينات 192 عينيه مجموعه تبعا لخصائص فيزيائية معينه مثل حموضه وقلويه الماء ودرجه حرارةفي نفس المنطقة المجموعة منها العينات وتم اختبار وفحص هذه المياه للكشف عن وجود بكتيرياالفبيرو باراهيموليتكس ، وفي هذه الدراسة تم الكشف عنها عن طريق تقنيه فصل العينات بطريقةالفصل المناعي المغناطسي وتم استخدام هذه الطريقة لزياده عدد الكشف عن بكتيريا الفبيروباراهيموليتكس ،وتم التأكد من وجود الجينيات السامه للفبيروباراهيمولتكس عن طريق استخدام14تفاعل البلمرة المتسلسل .ايضا تم كشف التشابه بين جينات الفبيروباراهيمولتكس عن طريق البصمةالوراثية . نتائج الدراسة كانت 58 عينة من أصل 192 كانت موجبه للعينات المستخدمة الفصلالمناعي المغناطيسي وعدد العينات التي تم الكشف عنها بدون استخدام الفصل المناعي المغناطيسيكانت بالمقابل 9 عينات. وعدد العينات التي تؤكد فصيله الفبيرو باراهيموليتكس والتي تحملعددها tdh كانت 28 عينة. وكانت نتائج التفاعل البلورزم للجينات السامة والمعروفة ب toxR الجين.trh 23 عينة ولم يتم الكشف عن عينات تحمل الجين السامالخلاصة:نتائج الدراسة لمياه البحر التي تم اختبارها مع استخدام الفصل المناعي المغناطيسي وعدم استخدامهعلى جميع العينات. واكدت النتائج انه استخدام تقنيه الفصل المناعي ساعدت في زيادة الكشف عنوجود البكتيريا وخلاصه البحث تتركز في انه تم الكشف ع الفبيرو باراهيموليتكس ذات الجيناتالسامة في مياه الخليج العربي في المملكة العربية السعودية
Keywords
Phenotypic, Genotypic, von Willebrand Factor, Epidemiology, Platelet plug, Blood Count